ระบบ PVP ของเกม Naruto Online ถัดรองลงมาจากการต่อสู้แบบสนามประลองนั้นก็คือ "ระบบต่อสู้ชิงอันดับ" ซึ่งจะปลดล็อคให้เข้าเมื่อผู้เล่นถึงเลเวล 26 ขึ้นไปโดยเริ่มต้นจะปลดล็อคให้เพียง 1 ทีมที่เข้าร่วมต่อสู้เท่านั้น และจะปลดล็อคครบ 3 ทีมให้เมื่อถึงเลเวล 55 ขึ้นไป ซึ่งระบบ PVP แบบนี้จะมีจุดเด่นก็คือจัดทีมเพื่อท้ารบกับคู่ต่อสู้ จุดสำคัญในการจัดทีมคือจัดตำแหน่งของนินจาว่าตัวไหนออกสกิลคาถาก่อนและหลัง ในโหมดนนี้จะเน้นส่วนนี้เป็นหลักเพราะการเข้า PVP โหมดนี้เราจะไม่ได้เล่นด้วยตัวเองเพราะ AI จะเล่นให้ทั้งหมดและการออกสกิลคาถานั้นส่วนใหญ่ AI ก็จะเลือกใช้นินจาตัวที่อยู่ด้านหน้าสุดก่อนตัวหลังตามลำดับ
ในระบบ PVP แบบต่อสู้ชิงอันดับของนั้นจะมีรายละเอียดมากมายกว่าที่เราเห็นโดยเริ่มตั้งแต่อันดับของผู้เล่น, การจัดตั้งทีมโจมตีและป้องกัน, วิธีการตรวจสอบทีมศัตรู, รายละเอียดจำนวนครั้งที่เข้าต่อสู้ และร้านค้าการต่อสู้อันดับ, ในที่นี้เราจะแบ่งรายละเอียดออกไปเป็น 5 หัวข้อใหญ่ได้ดังนี้
การจัดอันดับ และพลังรบของฝ่ายเราเองสามารถตรวจสอบได้ทางมุมซ้ายด้านบน ซึ่งในหัวข้อนี้เราจะไปเจาะลึกเกี่ยวกับระบบจัดอันดับกันอย่างละเอียดกันหน่อย เพราะอันดับภายในโหมด PVP แบบต่อสู้ชิงอันดับจะมีผลต่อรางวัลที่เราได้รับรายวันอย่างมาก เราจะได้รับรางวัลมากหรือน้อยนั้นขึ้นอยู่กับอันดับที่เราอยู่ โดยเราสามารถตรวจสอบอันดับได้โดยละเอียดด้วยวิธีการคลิกที่ปุ่ม 
ที่อยู่ถัดไปทางขวามือเราเอง ในปุ่มนี้เราสามารถตรวจสอบข้อมูลอันดับได้อย่างละเอียดแม้กระทั่งทีมที่ผู้เล่นอันดับอื่นๆจัดได้ โดยคลิกที่ชื่อและกดดูข้อมูลเพื่อทำการตรวจสอบ
ต่อไปเรามาดูรางวัลในแต่ละอันดับกันหน่อยครับ จะเห็นว่าอันดับของเรานั้นมีผลต่อรางวัลอย่างมาก รางวัลหลักๆที่จะได้นั้นก็คือเหรียญสีฟ้าๆที่ชื่อว่า "คะแนนต่อสู้ชิงอันดับ" สำหรับคะแนนนี้เราสามารถนำไปซื้อของในร้านค้าชิงอันดับได้ และนอกจากคะแนนที่เราได้รายวันแล้วยังได้เป็น Coins ซึ่งจะมากหรือน้อยนั้นก็ขึ้นอยู่กับอันดับของเราด้วย
สำหรับรางวัลที่เราจะได้รายวันนี้จะส่งเข้ามาในจดหมายของเราทุกๆวันเวลา 21.00 น. ซึ่งจะเท่ากับว่าการแข่งขันต่อสู้ชิงอันดับนี้เราจะต้องทำอันดับให้สูงที่สุดก่อนเวลา 3 ทุ่มในแต่ละวันเพื่อให้ได้รางวัลรายวันมากที่สุดที่จะทำได้ จึงต้องคำนวนระยะเวลาในการต่อสู้และระยะเวลาหลังจากจบการต่อสู้ด้วยเพราะเมื่อจบการต่อสู้แล้วจะติดคูลดาวนถึง 10 นาที
นอกจากการตรวจสอบอันดับและค่าพลังรบแล้ว ในระบบต่อสู้ชิงอันดับนี้เรายังสามารถตรวจสอบผลการรบได้อีกด้วย ในหัวข้อผลการรับนี้จะบอกรายละเอียดการโจมตีและป้องกันจากผู้เล่นอื่นๆภายในเซิร์ฟเวอร์ซึ่งจะมีสัญลักษณ์บอกอยู่ 2 ประเภทคือ
สัญลักษณ์รูปคุไนนี้หมายความว่าทีมของเราไปท้ารบทีมของผู้เล่นอื่น และมีผลให้อันดับของเราเปลี่ยนแปลงไปเป็นอันดับที่เท่าไหร่นั้นก็ขึ้นอยู่กับว่าจะชนะหรือแพ้ ถ้าหากชนะเราจะไปแทนที่อันดับของศัตรู แต่ถ้าแพ้อันดับของเราก็จะไม่เปลี่ยนแปลง
สัญลักษณ์รูปโล่นี้หมายความว่าทีมของเราได้ป้องกันศัตรูที่เลือกโจมตีทีมของเรา โดยจะมีผลให้อันดับเปลี่ยนแปลงไปหรือไม่ขึ้นอยู่กับทีมศัตรูเอาชนะเราได้หรือไม่นั้นเอง ซึ่งในที่นี่เราสามารถตรวจสอบได้ว่าผู้เล่นคนไหนเข้ามาโจมตีทีมเรา และเปลี่ยนแปลงอันดับไปเป็นอันดับที่เท่าไหร่ เป็นการตรวจสอบว่าถ้าหากเราแพ้ศัตรูบ่อยๆนั้นก็ควรปรับเปลี่ยนีรูปแบบการจัดทีมเพื่อตั้งรับใหม่ดีกว่าหรือไม่นั้นเอง
ในระบบ PVP แบบต่อสู้ชิงอันดับนี้เราสามารถตั้งค่าการโจมตีและป้องกันของทัพเราได้โดยการกดที่ปุ่ม "แก้ไขทัพ" ในหน้านี้เราสามารถตั้งค่ารูปแบบการโจมตีและการป้องกันของทีมเราได้อย่างอิสระ ซึ่งจะสามารถตั้งค่าทัพของเราได้สูงสุด 3 ทีม ในเบื้องต้นจะเปิดให้เพียงทีมแถวกลางก่อน และพอเลเวลถึง 45 ระบบก็จะปลดล็อคทีมด้านล่างให้ เมื่อถึงเลเวล 55 แล้วคราวนี้ก็จะปลดล็อคโดยสมบูรณ์ 3 ทีมเท่ากับ 1 กองทัพคือจะปลดล็อคทีมที่อยู่ด้านบนให้ตามลำดับ
ในการตั้งค่าทีมของบนกลางและล่างนี้เราสามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างอิสระ ซึ่งการปรับเปลี่ยนนี้จะมีผลต่อการออกสกิลคาถาด้วย เพราะทีมที่อยู่ด้านบนสุดนั้นจะเป็นทีมที่ออกสกิลคาถาก่อนทีมด้านล่างโดยเรียนตั้งแต่นินจาที่อยู่ทางขวาบนสุดก่อนแล้วไล่ลงมาด้านล่าง แล้วจึงขยับไปทางแนวกลางด้านบนและลงไปด้านล่างตามลำดับ การจัดทีมของระบบ PVP แบบต่อสู้ชิงอันดับนี้จึงควรคำนึงถึงลำดับการออกสกิลคาถาของแต่ละทีมด้วย
นอกจากจะปรับแต่งทีมได้อย่างอิสระแล้ว ในการจัดทีมหลักนี้เราสามารปรับเปลี่ยนอุปกรณ์ทีมหลักและพรสวรรค์ได้อย่างอิสระ ซึ่งแยกออกจากทีมที่ใช้งานลงดันเจี้ยนอีกด้วย ในโหมดนี้เราสามารถปรับเปลี่ยนอุปกรณ์ได้ง่ายมากๆแค่เพียงคลิกลากและวาง เพื่อปรับเปลี่ยนอุปกรณ์ที่เหมาะสมให้กับทีมของเรา แต่สามารถปรับเปลี่ยนได้เฉพาะทีมที่มีตัวละครหลักอยู่เท่านั้น ในทีมอื่นๆที่อยู่ในทัพของเราจะไม่มีอุปกรณ์ให้ใส่ ซึ่งการจัดทัพนี้ต้องคำนึงถึงเรื่องอุปกรณ์นี้ด้วย เพราะทีมที่ไม่มีอุปกรณ์ใส่นั้นจะมีพลังโจมตีที่ค่อนข้างต่ำกว่าทีมหลักของเรา และทีมที่ไม่มีอุปกรณ์ใส่นั้นก็จะมีค่า HP ที่น้อยด้วยเช่นกัน
อันดับและคู่ต่อสู้ที่เราเลือกต่อสู้นั้นจะมีผลต่อการแพ้-ชนะของเรา ซึ่งก่อนเข้าร่วมต่อสู้นี้เราสามารถตรวจสอบทีมของศัตรูก่อนเข้าสู้ได้ โดยการนำเมาส์ไปชี้ที่คู่ต่อสู้ไว้ก็จะเห็นการวางตำแน่งทีมของศัตรูและรวมถึงสัตว์อันเชิญด้วย เราจะได้เห็นทีมที่แข็งแกร่งของศัตรูว่าวางไว้ในทีมบน กลาง หรือทีมล่างนั้นเพื่อให้เราจัดทัพและวางแผนการโจมตีได้ถูกต้องมากขึ้น และอีกวิธีนึงในการเลือกต่อสู้นั้นก็คือการดูอันดับหรือ No. ที่อยู่บนหัวของคู่ต่อสู้ ในส่วนนี้จะบอกอันดับของคู่ต่อสู้ที่อยู่และเมื่อเราเอาชนะได้ก็จะไปแทนที่อันดับนั้นๆได้เลย หรือสามารถดูที่พลังรบที่อยู่ได้ชื่อก็ได้
ในการต่อสู้แบบต่อชิงอันดับนี้จะเป็นการต่อสู้กับ AI ที่ทางผู้เล่นตั้งค่าทัพเอาไว้ ในที่นี้หากเราเจอแต่คู้ต่อสู้ที่ดูๆแล้วไม่สามารถเอาชนะได้ หรือเจอแต่ธาตุที่แพ้ทางนั้นเราสามารถกดที่ปุ่ม "รีเฟรชคู่ต่อสู้" เพื่อทำการสุ่มคู่ต่อสู้ใหม่อีกครั้ง และในการกดแต่ละครั้งนั้นเราจะไม่เสียผลประโยชน์หรือค่าใช้จ่ายใดๆด้วย แต่เมื่อทำการรีเฟชรแล้วยังไม่พอใจก็สามารถกดใหม่ได้อีกครั้งแต่ต้องรอคูลดาวน์ 30 วินาทีก่อนจึงกดได้
ในการท้ารบต่อสู้ในระบบต่อสู้ชิงอันดับนี้เราสามารถท้ารบกับคู่ต่อสู้ในอันดับไหนก็ไหนก็ได้ขึ้นอยู่กับว่าระบบจะสุ่มคู่ต่อสู้อันดับไหนมาให้เรา แต่อย่าลืมกันว่าการท้ารบนี้จะสามารถท้ารบได้สูงสุด 5 ครั้งต่อวันเท่านั้น ซึ่งเมื่อท้ารบแล้วไม่ว่าเราจะชนะหรือแพ้ระบบก็จะคิดการท้ารบออกไปทีละ 1 ครั้งและจะติดคูลดาวน์ 10 นาทีในการท้ารบครั้งต่อไป ซึ่งหากท้ารบในช่วงเช้าหรือบ่ายนี้ก็จะมีโอกาสทำให้เราตบอันดับในช่วงเย็นหรือมืดได้ หรือท้ารบในช่วงเวลาที่ใกล้จะแจกของรางวัลประจำวันนั้นก็จะทำให้เราเสียรอบไปฟรีๆอีกด้วย เพราะฉะนั้นก่อนท้ารบต่อสู้กับผู้เล่นอื่นก็ควรที่จะคำนวนรอบการโจมตี และเวลาที่จะคูลดาวน์เมื่อท้ารบทุกครั้ง
แต่ทุกปัญหาย่อมมีทางออก ไม่ว่าจะเป็นจำนวนครั้งในการท้ารบ หรือต้องการจะรีเซ็ตระยะเวลาคูลดาวน์นั้นเราสามารถกดซื้อรอบการท้ารบเพิ่มเติม หรือรีเซ็ตระยะเวลาได้ง่ายๆโดยการกดปุ่มที่อยู่ด้านหลังหัวข้อนั้นๆ และจ่ายคูปองที่ได้รับฟรีๆจากกิจกรรมต่างๆที่ได้รับทุกๆวันเพียง 10 คูปองในครั้งแรก เพียงเท่านี้การเล่น PVP ในโหมดของการชิงอันดับที่จะทำให้เราหัวร้อนก่อนแจกรางวัลก็จะไม่มีผลอีกต่อไป
หลังจากที่เราพูดคุยเกี่ยวกับเรื่องอันดับและรางวัลของแต่ละอันดับเป็นที่เรียบร้อยแล้ว เรามาดูกันหน่อยว่าคะแนนที่เราได้รับจากการต่อสู้ชิงอันดับนี้คุ้มค่ามากน้อยแค่ไหนโดยดูได้จากร้านค้าชิงอันดับ ในที่นี้เราจะเห็นไอเทมอันได้แก่ยันต์สกัดระดับต่ำ, ยาน้ำพลังกาย(เล็ก) และเศษจิตนินจา ซึ่งภายในร้านนี้ไอเทมที่ทุกคนต้องใช้นั้นก็คือ "ยันต์สกัดระดับต่ำ" ซึ่งใช้มากถึง 1000 คะแนนในการแลก 5 ใบ ยันต์สกัดระดับต่ำนี้สามารถนำมาสกัดไอเทมได้ตั้งแต่เลเวล 1-4 และเพิ่มสเตตัทต่างๆมากมายที่ประโยชน์โยเฉพาะค่าสเตตัท "โจมตีก่อน" ค่าสเตตัทนี้มีผลอย่างมากในการออกสกิลคาถาต่างๆ ยิ่งมีค่านี้เยอะก็ยิ่งทำให้ทีมเรามีโอกาสชนะสูง เพราะเกมนี้ไม่ได้เน้นที่ความแรงเสมอไป ต้องเน้นที่ความเร็วในการเปิดการโจมตีด้วย ของรางวัลที่ใช้คะแนนต่อสู้ชิงอันดับจึงแนะนำเป็นยันต์สกัดระดับต่ำครับ และหากอัพเกรดจนครบแล้วก็แนะนำแลกเป็นฮินาตะหรือนินจาตัวอื่นๆก็ได้ เพื่อใช้ในการอัพเกรดดาวให้ถึง 5 ดาวไปเลยครับ
