เนื้อเรื่องภายในเกม "Final Fantasy XVI" จะพูดถึง อาณาจักรวาลิสเทีย [Valisthea] ดินแดนมหัศจรรย์ที่มีความขัดแย้งระหว่างประเทศ ได้แก่ ราชรัฐโรซาเรีย, จักรวรรดิศักดิ์สิทธิ์แห่งซานเบิร์ก, อาณาจักรวาเลียด, สาธารณรัฐดัลเมเคียน, อาณาจักรเหล็ก และ เขตปกครองแห่งคริสตัลลีนโดยมีตัวแปรสำคัญก็คือ “Eikons” สิ่งมีชีวิตที่ทรงพลังและอันตรายซึ่งอาศัยอยู่ในร่างของหนุ่มสาวที่ได้รับเลือก

เรื่องราวจะเล่าผ่าน ไคลฟ์ รอสฟิลด์ ชายหนุ่มที่อุทิศตนเพื่อฝึกฝนวิชาดาบ จนได้รับการขนานนามว่า “โล่แห่งโรซาเรีย” และได้รับมอบหมายให้ปกป้อง “โจชัว” น้องชายของเขา - ผู้ครอบครอง Eikons ผู้อัญเชิญฟีนิกซ์มนต์อสูรแห่งเพลิงอันน่าสะพรึงกลัว แต่ก็มีเหตุการณ์ที่ไม่คาดคิด ทำให้ไคลฟ์ ต้องอยู่บนเส้นทางที่มืดมิด และอันตราย เพื่อการล้างแค้น